推荐TRANSFAC > TESS > TFSEARCH。TFSEARCH使用了较低版本的matrix，可能是3.3。 TESS用的matrix也不是最新的，TRANSFAC用的是最新的，不过需要注册。
Transfac的TfBlast是用核苷酸序列或者氨基酸序列来搜索与之相似的TF的序列，也就是说，找出你输入的序列很可能是什么TF，而不是找与之结合的TF。
- Protein Structure Similarity Search
- Protein Sequence Homology Search
- Protein Sequence Multiple Alignment
- Protein Secondary Structure Prediction
- TFSEARCH : DNA的转录因子结合位点预测
- PDB-REPRDB : Representative protein chains from PDB
