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Daily Archives: 2008-11-06

[BioPerl]怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列

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Q:想请教一下怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列?
现有一个很长的序列,保存为fasta格式,希望切成一定长度的较短的序列。应该怎么输入呢?比如是一段很长的序列,要切割成一小段一小段的70的序列。为:1-70为第一小段,2-71为第二小段,3-72为第三小段。。。这样滑动切割,最后还是保存为fasta格式。
A:

use strict;
use Bio::SeqIO;
my $filename = 'file.fasta';
my $width = 70;
my $stream = Bio::SeqIO->new(-file => $filename, -format => 'fasta');
my $seq = $stream->next_seq;
my $len = $seq->length;
for(1 .. $len-$width+1) {
    my ($start, $end) = ($_, $_+$width-1);
    print '>',$seq->id," $start:$endn";
    print $seq->subseq($start,$end),"n";
}

Nov 6, 2008

国内蜂蜜市场99%是营养价值很低的“人工浓缩蜂蜜”

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业内人士惊人爆料:国内蜂蜜市场99%是营养价值很低的“人工浓缩蜂蜜”

国内蜂蜜市场居然有99%是由蜜蜂完成第一道酿蜜工序,然后人工“代酿”而成的“人工浓缩蜂蜜”,而不是真正的天然成熟蜂蜜。近日国内首家某蜂蜜厂商负责人盛先生,为消费者揭开蜂蜜行业的内幕。

什么样的蜂蜜才是天然成熟蜂蜜?

盛先生介绍,蜜蜂在采集花蜜时分泌转化酶和淀粉酶混入花蜜中,采回的花蜜又被内勤蜂吮入蜜囊中,然后返回到口器中,反复多次后再将蜜汁移入巢房中。在反复 的过程中,蜜蜂不断加入转化酶和淀粉酶,并加以混匀,使蔗糖、糊精和淀粉转化为单糖并除去花蜜中多余水分,这样才形成成熟蜂蜜。

这种经蜜蜂充分酿造,含水量在20%(41.2波美度)以下的蜂蜜才可以称为天然成熟蜂蜜。天然成熟蜂蜜主要成分是葡萄糖和果糖,约占蜂蜜重量的 65-85%,此外还含有蛋白质、氨基酸、维生素、微量元素、有机酸、芳香物质的高级醇、生物活性物质等180多种物质,更由一些少量物质尚待人们去研究 确认。天然成熟蜂蜜具有营养心肌、保护肝脏、润肠胃、降血压、防止血管硬化的效果,自身具有强大的杀菌力,耐储藏。

什么是浓缩蜂蜜?

盛先生说,目前市场上销售的99%都是人工浓缩的蜂蜜。蜂蜜加工企业为降低成本,不愿收购生产成本高(成本是低度蜜的2-3倍)的成熟蜂蜜,蜂农为了提高收入,只好提高产量,将原来三至五天取一次蜂蜜,改为一天或两天一摇蜜,这种被提前取出的是低浓度蜜。
浓缩蜂蜜原料主要来源于低浓度蜜,这种蜜还未经蜜蜂充分酿造,营养价值本身较低,再经过人工的过滤、澄清,可导致维生素减少33-50%,同时加热灭菌去 水分,又使维生素、酶和生理活性物质几乎完全被破坏,蜂蜜抗菌能力下降。加工过程,还增加了蜂蜜二次污染的机会。另外,某些出口退回的蜂蜜,陈年发酵变质 的蜂蜜,都可以重新加工利用。

这些蜂蜜在加工过程中,除了糖以外,其它营养成分所剩无几,且蜂蜜无法区分品种,大都只有一个味道,有的工厂就采取添加香精等添加剂做出桂花、荔枝等不同的花蜜。

盛先生告诉编者,浓缩蜜在我国是允许的,但却不符合国际市场的需求。在国内,对浓缩蜜的用途没有明显界定,而在国外发达国家,浓缩蜂蜜是不允许食用的,进 口中国浓缩蜂蜜,只作为白糖的替代品用于食品工业用途,或用于制药、化妆品等工业用途。国内消费者其实对蜂蜜行业的“潜规则”并不了解,相信他们更愿意接 受天然成熟蜂蜜。

Filed under 时事评论
Nov 6, 2008

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