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获取指定染色体位置的DNA序列

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Posted by on 2009-01-18 at 09:13
  1. 以 Zebrafish 的 lefty1 基因为例,NCBI的Gene数据库中注释中,lft1转录起始于chr20正链的 32185760。往上游延长2kb,下游1kb,可以得到对应的3kb的区段:chr20:32183760-32186760
  2. 打开 http://genome.ucsc.edu/ ,点击左上角的"genomes "链接。在出现的表单中,选择对应的物种和基因组坐标值,如下图,然后submit。
  3. 在出现的页面中,点"DNA"链接,如下图:
  4. 在后面出现的页面中,指定参数,如果是位于负链上的基因要勾选上"获取负链序列"。
  5. 点击"get DNA",好了,应该得到你要的序列了。

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