‘生物科学’ 分类的存档
- 以 Zebrafish 的 lefty1 基因为例，NCBI的Gene数据库中注释中，lft1转录起始于chr20正链的 32185760。往上游延长2kb，下游1kb，可以得到对应的3kb的区段：chr20:32183760-32186760
- 打开 http://genome.ucsc.edu/ ，点击左上角的”genomes “链接。在出现的表单中，选择对应的物种和基因组坐标值，如下图，然后submit。
- 在出现的页面中，点”DNA”链接，如下图：
- 在后面出现的页面中，指定参数，如果是位于负链上的基因要勾选上”获取负链序列”。
- 点击”get DNA”，好了，应该得到你要的序列了。
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在大多数哺乳动物中，SRY基因的存在与否决定了性别。SRY编码了一个与DNA结合的HMG-box转录因子，在胚胎形成期间，它是原始生殖腺向睾丸发育的最初开关，但是其具体的功能模式还不清楚。…… more
Q：想请教一下怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列？
现有一个很长的序列，保存为fasta格式，希望切成一定长度的较短的序列。应该怎么输入呢？比如是一段很长的序列，要切割成一小段一小段的70的序列。为：1-70为第一小段，2-71为第二小段，3-72为第三小段。。。这样滑动切割，最后还是保存为fasta格式。
A:…… more
让我们从脸红的原因说起吧。很多人以为是酒精导致的，其实不然，是乙醛引起的。乙醛具有让毛细血管扩张的功能，而脸部毛细血管的扩张才是脸红的原因。所以喝酒脸红的人意味着能迅速将乙醇转化成乙醛，也就是说有他们有高效的乙醇脱氢酶。 不过我们不能忘了还有一种酶，乙醛脱氢酶。喝酒脸红的人是只有前一个酶没有后一个酶，所以体内迅速累积乙醛而迟迟不能代谢，因此会长时间涨红了脸。不过大家都有经验，当1－2个小时后红色就会渐渐腿去，这是靠肝脏里的P450慢慢将乙醛转化成乙酸，然后进入TCA循环而被代谢。…… more
1。安装Activeperl,一切选项默认即可。
2。安装GD模块。“开始”–>“运行”–>”ppm” install http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/GD.ppd
3。安装DBI模块。还是在ppm命令行下，运行”query DBI”检查是否已经安装DBI;如果没有安装，运行”s DBI”寻找DBI；找到后”install #”。#代表相应的编号 。
4。安装DBD-MySQL模块。”s DBD-MySQl”; “INSTALL #”.
5。安装aceperl模块。”INSTALL ACEPERL”
6。编译安装PDL-2.4.1-win32-4.zip。从SF下载PDL，注意下载PDL的2.4.1的win32版本，最新版本可能安装不上。首先你应该有C编译器，VC6足够。解压后，在命令行状态下进入解压后的目录，运行：
perl Makefile.PL
nmake
nmake install
7。安装bioperl
ppm> rep add Bioperl http://bioperl.org/DIST
ppm> rep add Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms
ppm> rep add Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm
search Bioperl
install #
8。编译安装TFBS-0.5.0.tar.gz.前提条件都满足了（关键是PDL），下载TFBS，编译安装之。
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