‘生物科学’ 分类的存档

  1. 以 Zebrafish 的 lefty1 基因为例,NCBI的Gene数据库中注释中,lft1转录起始于chr20正链的 32185760。往上游延长2kb,下游1kb,可以得到对应的3kb的区段:chr20:32183760-32186760
  2. 打开 http://genome.ucsc.edu/ ,点击左上角的”genomes “链接。在出现的表单中,选择对应的物种和基因组坐标值,如下图,然后submit。
  3. 在出现的页面中,点”DNA”链接,如下图:
  4. 在后面出现的页面中,指定参数,如果是位于负链上的基因要勾选上”获取负链序列”。
  5. 点击”get DNA”,好了,应该得到你要的序列了。

转载请链接到本文网址。…… more

2009年1月18日09:13 | 没有评论
分类: 生物科学

常用中成药的真相——维C银翘片…… more

2008年12月15日18:19 | 没有评论
分类: 生物科学
标签:

在大多数哺乳动物中,SRY基因的存在与否决定了性别。SRY编码了一个与DNA结合的HMG-box转录因子,在胚胎形成期间,它是原始生殖腺向睾丸发育的最初开关,但是其具体的功能模式还不清楚。…… more

2008年11月20日23:22 | 没有评论
分类: 生物科学

Q:想请教一下怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列?
现有一个很长的序列,保存为fasta格式,希望切成一定长度的较短的序列。应该怎么输入呢?比如是一段很长的序列,要切割成一小段一小段的70的序列。为:1-70为第一小段,2-71为第二小段,3-72为第三小段。。。这样滑动切割,最后还是保存为fasta格式。
A:…… more

2008年11月6日18:41 | 没有评论
标签:

按:想起大学时候的教我们遗传学的戴灼华老师,上课的时候言必称CCTan,对谈老推崇备至。现在驾鹤西去,令人唏嘘。…… more

2008年11月1日20:59 | 没有评论
分类: 生物科学
标签: ,

中科院动物所生殖生物学国家重点实验室生物信息学组招聘博士后(2)…… more

2008年9月11日10:22 | 没有评论
分类: 生物科学
标签:

让我们从脸红的原因说起吧。很多人以为是酒精导致的,其实不然,是乙醛引起的。乙醛具有让毛细血管扩张的功能,而脸部毛细血管的扩张才是脸红的原因。所以喝酒脸红的人意味着能迅速将乙醇转化成乙醛,也就是说有他们有高效的乙醇脱氢酶。 不过我们不能忘了还有一种酶,乙醛脱氢酶。喝酒脸红的人是只有前一个酶没有后一个酶,所以体内迅速累积乙醛而迟迟不能代谢,因此会长时间涨红了脸。不过大家都有经验,当1-2个小时后红色就会渐渐腿去,这是靠肝脏里的P450慢慢将乙醛转化成乙酸,然后进入TCA循环而被代谢。…… more

2008年1月23日21:01 | 1 条评论
标签:

1。安装Activeperl,一切选项默认即可。
2。安装GD模块。“开始”–>“运行”–>”ppm” install http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/GD.ppd
3。安装DBI模块。还是在ppm命令行下,运行”query DBI”检查是否已经安装DBI;如果没有安装,运行”s DBI”寻找DBI;找到后”install #”。#代表相应的编号 。
4。安装DBD-MySQL模块。”s DBD-MySQl”; “INSTALL #”.
5。安装aceperl模块。”INSTALL ACEPERL”
6。编译安装PDL-2.4.1-win32-4.zip。从SF下载PDL,注意下载PDL的2.4.1的win32版本,最新版本可能安装不上。首先你应该有C编译器,VC6足够。解压后,在命令行状态下进入解压后的目录,运行:
perl Makefile.PL
nmake
nmake install

7。安装bioperl
ppm> rep add Bioperl http://bioperl.org/DIST
ppm> rep add Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms
ppm> rep add Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm
search Bioperl
install #

8。编译安装TFBS-0.5.0.tar.gz.前提条件都满足了(关键是PDL),下载TFBS,编译安装之。
万事大吉了。转载请注明出处,多谢!
…… more

2007年8月26日23:11 | 3 条评论
分类: 生物科学
标签: , ,

最近生物化学杂志(JBC)的两位副主编,Vincent C. Hascall和Richard W Hanson写了一篇文章,“JBC on Journal Ranking”,文章非常有意思,对于现在科学界一切跟着影响因子(Impact Factor)转的潮流,算是浇上了一点冷水,也表达了JBC这个百年老杂志的不满之情。…… more

2007年8月23日16:40 | 2 条评论
分类: 生物科学

报道:加拿大维多利亚市一家农场中的小灵狗温迪,被人形容成是狗中“施瓦辛格”,由于天生具有基因缺陷,这条狗竟然长得膀大腰圆,浑身肌肉,重达27斤,重量是同类狗的两倍多。它的脖子上、肩膀上、腰部和臀部到处都是像气球一样高高鼓起来的肌肉,模样看起来非常可怕。…… more

2007年7月14日13:12 | 没有评论
分类: 生物科学