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	<title>知者无忧 &#187; 生物科学</title>
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	<description>NOThing Is Impossible! —— 原创文章，谢绝转载！</description>
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		<title>获取指定染色体位置的DNA序列</title>
		<link>http://www.notii.com/2009/01/access-to-the-location-designated-chromosome-dna-sequences.html</link>
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		<pubDate>Sun, 18 Jan 2009 01:13:33 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[生物信息学]]></category>

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		<description><![CDATA[以 Zebrafish 的 lefty1 基因为例，NCBI的Gene数据库中注释中，lft1转录起始于chr20正链的 32185760。往上游延长2kb，下游1kb，可以得到对应的3kb的区段：chr20:32183760-32186760 打开 http://genome.ucsc.edu/ ，点击左上角的"genomes "链接。在出现的表单中，选择对应的物种和基因组坐标值，如下图，然后submit。 在出现的页面中，点"DNA"链接，如下图： 在后面出现的页面中，指定参数，如果是位于负链上的基因要勾选上"获取负链序列"。 点击"get DNA"，好了，应该得到你要的序列了。 转载请链接到本文网址。]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<ol>
<li>以 Zebrafish 的 lefty1 基因为例，NCBI的Gene数据库中注释中，lft1转录起始于chr20正链的 32185760。往上游延长2kb，下游1kb，可以得到对应的3kb的区段：chr20:32183760-32186760<br>
<img style="width: 420px; height: 68px;" src="https://docs.google.com/File?id=dct4q44c_24ghhb8dfb_b" alt=""></li>
<li>打开 <a title="点击这里打开ucsc genome的主页" href="http://genome.ucsc.edu/" target="_blank">http://genome.ucsc.edu/</a> ，点击左上角的"<a title="genomes" href="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway" target="_blank">genomes</a> "链接。在出现的表单中，选择对应的物种和基因组坐标值，如下图，然后submit。<br>
<img src="https://docs.google.com/File?id=dct4q44c_25ffvvrdgg_b" alt="" width="693" height="116"></li>
<li>在出现的页面中，点"DNA"链接，如下图：<br>
<img style="width: 374px; height: 205px;" src="https://docs.google.com/File?id=dct4q44c_26c6f4vqhj_b" alt=""></li>
<li>在后面出现的页面中，指定参数，如果是位于负链上的基因要勾选上"获取负链序列"。</li>
<li>点击"get DNA"，好了，应该得到你要的序列了。</li>
</ol>
<p>转载请链接到本文网址。</p>
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		<title>【笔记】SRY抑制beta-catenin介导的转录</title>
		<link>http://www.notii.com/2008/11/sry-repress-catenin.html</link>
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		<pubDate>Thu, 20 Nov 2008 15:22:59 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[catenin]]></category>
		<category><![CDATA[sex determination]]></category>
		<category><![CDATA[sry]]></category>

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		<description><![CDATA[在大多数哺乳动物中，SRY基因的存在与否决定了性别。SRY编码了一个与DNA结合的HMG-box转录因子，在胚胎形成期间，它是原始生殖腺向睾丸发育的最初开关，但是其具体的功能模式还不清楚。 在卵巢的发育中，R-spondin1和Wnt4通过Wnt/beta-catenin信号通路，依靠TCF来调控未知的靶基因的表达，以此抑制了睾丸的发育。相反，SRY通过抑制卵巢决定基因的作用来阻止了卵巢的发育。 本文献假设，SRY抑制了Wnt/beta-catenin通路，导致卵巢发育的抑制。在HEK293T细胞中，在GSK3beta特异抑制剂存在的条件下，SRY抑制了beta-catenin介导的TCF依赖的基因的激活，这表明SRY是在beta-catenin的水平上抑制了Wnt通路的。在XY基因型的女病人中，编码的核定位缺陷的三种SRY突变蛋白不能抑制beta-catenin。令人吃惊的是，无DNA结合活性的SRY突变体却和野生型SRY有着相近的抑制活性。另外，反式激活子SRY-VP16融合蛋白也有野生型的抑制活性。因此，SRY对beta-catenin的抑制与其DNA结合域或反式激活功能都没有关系。catenin和SRY在体外可以相互作用；而在NT2/D1和Hela细胞中，SRY的表达促使b-catenin定位到特异的核小体中。 因此作者得出结论，SRY是通过它在细胞核中的新功能来抑制b-catenin介导的Wnt通路的，这在性别决定中可能是很重要的。PMID：18598779 Int J Biochem Cell Biol. 2008;40(12):2889-900. Epub 2008 Jun 28.&#160;]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>在大多数哺乳动物中，SRY基因的存在与否决定了性别。SRY编码了一个与DNA结合的HMG-box转录因子，在胚胎形成期间，它是原始生殖腺向睾丸发育的最初开关，但是其具体的功能模式还不清楚。</p>
<p>在卵巢的发育中，R-spondin1和Wnt4通过Wnt/beta-catenin信号通路，依靠TCF来调控未知的靶基因的表达，以此抑制了睾丸的发育。相反，SRY通过抑制卵巢决定基因的作用来阻止了卵巢的发育。</p>
<p>本文献假设，SRY抑制了Wnt/beta-catenin通路，导致卵巢发育的抑制。在HEK293T细胞中，在GSK3beta特异抑制剂存在的条件下，SRY抑制了beta-catenin介导的TCF依赖的基因的激活，这表明SRY是在beta-catenin的水平上抑制了Wnt通路的。在XY基因型的女病人中，编码的核定位缺陷的三种SRY突变蛋白不能抑制beta-catenin。令人吃惊的是，无DNA结合活性的SRY突变体却和野生型SRY有着相近的抑制活性。另外，反式激活子SRY-VP16融合蛋白也有野生型的抑制活性。因此，SRY对beta-catenin的抑制与其DNA结合域或反式激活功能都没有关系。catenin和SRY在体外可以相互作用；而在NT2/D1和Hela细胞中，SRY的表达促使b-catenin定位到特异的核小体中。</p>
<p>因此作者得出结论，SRY是通过它在细胞核中的新功能来抑制b-catenin介导的Wnt通路的，这在性别决定中可能是很重要的。PMID：18598779</p>
<p><span class="ti"><span title="The international journal of biochemistry &amp; cell biology."><a href="javascript:AL_get(this,%20'jour',%20'Int%20J%20Biochem%20Cell%20Biol.');">Int J Biochem Cell Biol.</a></span> 2008;40(12):2889-900. Epub 2008 Jun 28.</span><span class="featured_linkouts"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/fref.fcgi?PrId=3048&amp;itool=AbstractPlus-def&amp;uid=18598779&amp;db=pubmed&amp;url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1357-2725%2808%2900251-3" target="_blank"><img src="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/egifs/http:--linkinghub.elsevier.com-ihub-images-PubMedLink.gif" alt="Click here to read" id="linkout-icon-def-PubMedLink" border="0" name="linkout-icon-def-PubMedLink"></a>&nbsp;</span></p>
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		<title>[BioPerl]怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列</title>
		<link>http://www.notii.com/2008/11/bioperl-fasta.html</link>
		<comments>http://www.notii.com/2008/11/bioperl-fasta.html#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 06 Nov 2008 10:41:11 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[计算机技术]]></category>

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		<description><![CDATA[Q：想请教一下怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列？ 现有一个很长的序列，保存为fasta格式，希望切成一定长度的较短的序列。应该怎么输入呢？比如是一段很长的序列，要切割成一小段一小段的70的序列。为：1-70为第一小段，2-71为第二小段，3-72为第三小段。。。这样滑动切割，最后还是保存为fasta格式。 A: use strict; use Bio::SeqIO; my $filename = 'file.fasta'; my $width = 70; my $stream = Bio::SeqIO-&#62;new(-file =&#62; $filename, -format =&#62; 'fasta'); my $seq = $stream-&#62;next_seq; my $len = $seq-&#62;length; for(1 .. $len-$width+1) { my ($start, $end) = ($_, $_+$width-1); print '&#62;',$seq-&#62;id," $start:$endn"; print $seq-&#62;subseq($start,$end),"n"; }]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>Q：想请教一下怎么把fasta格式的DNA序列切割成一定长度的序列？<br>
现有一个很长的序列，保存为fasta格式，希望切成一定长度的较短的序列。应该怎么输入呢？比如是一段很长的序列，要切割成一小段一小段的70的序列。为：1-70为第一小段，2-71为第二小段，3-72为第三小段。。。这样滑动切割，最后还是保存为fasta格式。<br>
A:</p>
<pre>
<code class="perl">use strict;
use Bio::SeqIO;
my $filename = 'file.fasta';
my $width = 70;
my $stream = Bio::SeqIO-&gt;new(-file =&gt; $filename, -format =&gt; 'fasta');
my $seq = $stream-&gt;next_seq;
my $len = $seq-&gt;length;
for(1 .. $len-$width+1) {
    my ($start, $end) = ($_, $_+$width-1);
    print '&gt;',$seq-&gt;id," $start:$endn";
    print $seq-&gt;subseq($start,$end),"n";
}</code>
</pre>]]></content:encoded>
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		<title>著名遗传学家谈家桢先生因多脏器衰竭辞世</title>
		<link>http://www.notii.com/2008/11/well-known-geneticist-mr-tan-jiazhen-died-as-a-result-of-multiple-organ-failure.html</link>
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		<pubDate>Sat, 01 Nov 2008 12:59:14 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[去世]]></category>
		<category><![CDATA[谈家桢]]></category>

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		<description><![CDATA[按：想起大学时候的教我们遗传学的戴灼华老师，上课的时候言必称CCTan，对谈老推崇备至。现在驾鹤西去，令人唏嘘。 新华网上海１１月１日电（记者仇逸）１１月１日７时１８分，我国著名遗传学家、中国现代遗传科学的奠基人之一谈家桢先生在上海逝世，享年１００岁。记者从负责谈家桢先生生前救治的医疗机构上海华东医院获悉，包括心、肺、肾等多个重要脏器衰竭是谈先生辞世的主要病因。 上海华东医院院长俞卓伟告诉记者：谈家桢先生缠绵病榻已有多日，在临终前的日子里，先生在意识清醒的状态下会睁开双眼回应呼唤，但由于气管切开已不能言语，弥留时处于心功能衰竭、传导阻滞等状态，经救治无效1日离世。 俞卓伟还透露，今年２月起，谈家桢先生身体状况明显恶化，经医护人员尽力抢救，今年９月谈先生坚强地度过了百岁、也是人生最后一个生日，先生和长期负责医治、护理他的医务人员结下了深厚感情，离世时家人陪伴在身旁。]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="background-color: #ffff00"><font id="Zoom">按：想起大学时候的教我们遗传学的戴灼华老师，上课的时候言必称CCTan，对谈老推崇备至。现在驾鹤西去，令人唏嘘。</font></p>
<p><font id="Zoom">新华网上海１１月１日电（记者仇逸）１１月１日７时１８分，我国著名遗传学家、中国现代遗传科学的奠基人之一谈家桢先生在上海逝世，享年１００岁。记者从负责谈家桢先生生前救治的医疗机构上海华东医院获悉，包括心、肺、肾等多个重要脏器衰竭是谈先生辞世的主要病因。</font></p>
<p><font id="Zoom">上海华东医院院长俞卓伟告诉记者：谈家桢先生缠绵病榻已有多日，在临终前的日子里，先生在意识清醒的状态下会睁开双眼回应呼唤，但由于气管切开已不能言语，弥留时处于心功能衰竭、传导阻滞等状态，经救治无效1日离世。</font></p>
<p><font id="Zoom">俞卓伟还透露，今年２月起，谈家桢先生身体状况明显恶化，经医护人员尽力抢救，今年９月谈先生坚强地度过了百岁、也是人生最后一个生日，先生和长期负责医治、护理他的医务人员结下了深厚感情，离世时家人陪伴在身旁。</font></p>
]]></content:encoded>
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		<title>生物招聘信息两则</title>
		<link>http://www.notii.com/2008/09/of-two-candidates.html</link>
		<comments>http://www.notii.com/2008/09/of-two-candidates.html#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 11 Sep 2008 02:22:56 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>

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		<description><![CDATA[中科院动物所生殖生物学国家重点实验室生物信息学组招聘博士后(2名) 研究方向1：精原干细胞增殖、分化、及凋亡机理的研究 　　精原干细胞是成年雄性动物生殖细胞的祖先，随着体外培养条件的不同既可保持其单向分化的潜能，又可转化为类似于胚胎干细胞的多能性细胞，在精子发生机理研究，建立新的转基因技术和辅助生殖技术，以及再生医学方面有着十分重要的科研价值。本组在精原干细胞体外培养及建系方面积累了丰富经验，期待在这方面有突破进展，期待对此方向感兴趣并具有丰富细胞培养经验的博士生加盟。&#160; 研究方向2：睾丸特异表达基因的功能研究 　　组织特异表达的基因为新一代高效低毒药物提供理想靶标。据估计小鼠基因组中4% 的基因在案睾丸中特异表达。这些基因构成了雄性避孕药物的药靶基因库。然而对于它们作为理想药靶的可行性评估要求我们对它们在精子发生中的作用有清楚的了解。目前我们正在利用分子生物学技术（包括母双杂交，免疫共沉淀，基因过表达及RNAi等）对几类蛋白家族（如环指蛋白，蛋白酶抑制剂，生长因子，蛋白激酶等）进行功能研究。 &#160; 任职资格: 博士学位获得者，有SCI文章发表 在分子生物学、细胞生物学领域受过良好训练 具有良好的英文文献阅读与写作能力 富有团队合作精神 &#160; 待遇： 享受动物研究所根据有关规定给予的待遇 合作导师: &#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; 韩春生研究员, 中科院”百人计划”入选者 &#160; 联系方式: 电话：64807105 E-mail：hancs@ioz.ac.cn &#160;----------------------------------------------------------- &#160; 中科院动物所生殖生物学国家重点实验室生物信息学组招聘工作人员（课题聘用） 招聘岗位： 分子生物学工作人员，从事分子克隆，重组蛋白质生产，多抗制备，及免疫组化等工作。 &#160; 任职资格: 具有生物学本科以上学历； 工作努力认真，科学思考问题, 善于和人沟通合作，目标明确持之以恒; &#160; 待遇： &#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; 工资不低于国家同等学历毕业生的平均水平，根据工作绩效进一步调整。合同期两年。你将在这里得到全方位的科研工作训练。 &#160; 联系方式: &#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; 韩春生研究员 电话：64807105 E-mail：hancs@ioz.ac.cn &#160;]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: center; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal" align="center"><strong><u><span style="font-family: 宋体">中科院动物所生殖生物学国家重点实验室生物信息学组招聘博士后</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">(2</font></span></u></strong><strong><u><span style="font-family: 宋体">名</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">)</font></span></u></strong></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"></p>
<p style="margin: auto 0cm" class="style4"><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">研究方向</span><span style="color: windowtext" lang="EN-US"><font face="Times New Roman">1</font></span><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">：精原干细胞增殖、分化、及凋亡机理的研究</span></p>
<p style="margin: auto 0cm" class="style4"><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">　　精原干细胞是成年雄性动物生殖细胞的祖先，随着体外培养条件的不同既可保持其单向分化的潜能，又可转化为类似于胚胎干细胞的多能性细胞，在精子发生机理研究，建立新的转基因技术和辅助生殖技术，以及再生医学方面有着十分重要的科研价值。本组在精原干细胞体外培养及建系方面积累了丰富经验，期待在这方面有突破进展，期待对此方向感兴趣并具有丰富细胞培养经验的博士生加盟。</span><span style="color: windowtext" lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p style="margin: auto 0cm" class="style4"><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">研究方向</span><span style="color: windowtext" lang="EN-US"><font face="Times New Roman">2</font></span><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">：睾丸特异表达基因的功能研究</span></p>
<p style="margin: auto 0cm" class="style4"><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">　　组织特异表达的基因为新一代高效低毒药物提供理想靶标。据估计小鼠基因组中</span><span style="color: windowtext" lang="EN-US"><font face="Times New Roman">4%</font></span> <span style="font-family: 宋体; color: windowtext">的基因在案睾丸中特异表达。这些基因构成了雄性避孕药物的药靶基因库。然而对于它们作为理想药靶的可行性评估要求我们对它们在精子发生中的作用有清楚的了解。目前我们正在利用分子生物学技术（包括母双杂交，免疫共沉淀，基因过表达及</span><span style="color: windowtext" lang="EN-US"><font face="Times New Roman">RNAi</font></span><span style="font-family: 宋体; color: windowtext">等）对几类蛋白家族（如环指蛋白，蛋白酶抑制剂，生长因子，蛋白激酶等）进行功能研究。</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">任职资格</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">:</font></span></strong></p>
<ol start="1" style="margin-top: 0cm" type="1">
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">博士学位获得者，有</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">SCI</font></span><span style="font-family: 宋体">文章发表</span></li>
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">在分子生物学、细胞生物学领域受过良好训练</span></li>
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">具有良好的英文文献阅读与写作能力</span></li>
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">富有团队合作精神</span></li>
</ol>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">待遇：</span></strong></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">享受动物研究所根据有关规定给予的待遇</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">合作导师</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">:</font></span></strong></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><span><font face="Times New Roman">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</font></span></span> <span style="font-family: 宋体">韩春生研究员</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">,</font></span> <span style="font-family: 宋体">中科院</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">”</font></span><span style="font-family: 宋体">百人计划</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">”</font></span><span style="font-family: 宋体">入选者</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">联系方式</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">:</font></span></strong></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">电话：</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">64807105</font></span></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">E-mail</font></span><span style="font-family: 宋体">：</span><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">hancs@ioz.ac.cn</font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;-----------------------------------------------------------</font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman">&nbsp;</font></span></p>
<p style="text-align: center; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal" align="center"><span lang="EN-US"><font face="Times New Roman"><strong><u><span style="font-family: 宋体">中科院动物所生殖生物学国家重点实验室生物信息学组招聘工作人员（课题聘用）</span></u></strong></font></span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">招聘岗位</span></strong><span style="font-family: 宋体">：</span></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">分子生物学工作人员，从事分子克隆，重组蛋白质生产，多抗制备，及免疫组化等工作。</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">任职资格</span><span lang="EN-US">:</span></strong></p>
<ol start="1" style="margin-top: 0cm" type="1">
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">具有生物学本科以上学历；</span></li>
<li style="margin: 0cm 0cm 0pt; tab-stops: list 36.0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">工作努力认真，科学思考问题</span><span lang="EN-US">,</span> <span style="font-family: 宋体">善于和人沟通合作，目标明确持之以恒</span><span lang="EN-US">;</span></li>
</ol>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">待遇：</span></strong></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span lang="EN-US"><span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></span></strong> <strong><span style="font-family: 宋体">工资不低于国家同等学历毕业生的平均水平，根据工作绩效进一步调整。合同期两年。你将在这里得到全方位的科研工作训练。</span></strong></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span style="font-family: 宋体">联系方式</span><span lang="EN-US">:</span></strong></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><strong><span lang="EN-US"><span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></span></strong> <span style="font-family: 宋体">韩春生研究员</span></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span style="font-family: 宋体">电话：</span><span lang="EN-US">64807105</span></p>
<p style="text-indent: 36pt; margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US">E-mail</span><span style="font-family: 宋体">：</span><span lang="EN-US">hancs@ioz.ac.cn</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
<p style="margin: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"></p>
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		<title>为什么喝酒有的人会脸红，有的人会脸发白？ zz</title>
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		<pubDate>Wed, 23 Jan 2008 13:01:08 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生活体验]]></category>
		<category><![CDATA[生物科学]]></category>

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		<description><![CDATA[让我们从脸红的原因说起吧。很多人以为是酒精导致的，其实不然，是乙醛引起的。乙醛具有让毛细血管扩张的功能，而脸部毛细血管的扩张才是脸红的原因。所以喝酒脸红的人意味着能迅速将乙醇转化成乙醛，也就是说有他们有高效的乙醇脱氢酶。 不过我们不能忘了还有一种酶，乙醛脱氢酶。喝酒脸红的人是只有前一个酶没有后一个酶，所以体内迅速累积乙醛而迟迟不能代谢，因此会长时间涨红了脸。不过大家都有经验，当1－2个小时后红色就会渐渐腿去，这是靠肝脏里的P450慢慢将乙醛转化成乙酸，然后进入TCA循环而被代谢。 那么喝酒比较厉害的人是怎么回事呢？这些人往往越喝脸越白，到一个点突然不行了，烂醉如泥。那是因为这样的人高活性的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶均没有，主要靠肝脏里的P450慢慢氧化（因为P450是特异性比较低的一群氧化酶）。那么，这样的人为什么会给人很能喝酒的感觉呢？那时因为他们靠体液来稀释酒精，个头越大感觉越能喝酒。在正常情况下，酒精浓度要超过0.1%他们才会昏迷，对大多数南方人来说是半斤白酒，而北方人由于体型大，可以喝到8两到一斤白酒。但不管什么人，如果他是脸越喝越白型的，最好不要超过半斤，不然有急性酒精中毒的可能性。 如果一个人即有高活性的乙醇脱氢酶又有高活性的乙醛脱氢酶会怎样呢？他/她就是传说中的酒篓子。如何判断他/她是不是酒篓子呢？看是不是大量出汗。因为如果两个酶都高活性，酒精迅速变成乙酸进入TCA循环而发热，所以大量发热而出汗。碰到这样的人你只能自认倒霉，就是十个八个正常人也斗不过他。好在这样的人不多，大概10万分之一左右吧。 有一点要提醒大家，喝酒脸红的人其实不容易伤肝脏，而和酒脸白的人特别容易伤肝脏。红脸的人大家一般少劝酒，因此喝得少，酒后发困，睡上15－30分钟就又精神抖擞了。而白脸的则往往不知自己的底线，在高度兴奋中饮酒过量，直到烂醉。他们体内的酒精由于没有高活性的酶处理而发生积累，导致肝脏损伤。酒精性肝损伤一般只发生在这些人身上。红脸的人可以连续几餐即便喝吐了还能喝酒，而白脸的人需要更多时间的休息，因为酒精的代谢需要一两天的时间。 顺便提一下，根据有关研究江浙两省的人（古代吴国和越国的后代）似乎是红脸基因的起源地，也就是说这些人多数带有高活性的乙醇脱氢酶。而北方人多数是白脸型的。那么如果你是北方出生的，又是红脸型的，说明什么呢？答案是明显的，因为红脸基因是显性基因。 来源：网络]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>让我们从脸红的原因说起吧。很多人以为是酒精导致的，其实不然，是乙醛引起的。乙醛具有让毛细血管扩张的功能，而脸部毛细血管的扩张才是脸红的原因。所以喝酒脸红的人意味着能迅速将乙醇转化成乙醛，也就是说有他们有高效的乙醇脱氢酶。 不过我们不能忘了还有一种酶，乙醛脱氢酶。喝酒脸红的人是只有前一个酶没有后一个酶，所以体内迅速累积乙醛而迟迟不能代谢，因此会长时间涨红了脸。不过大家都有经验，当1－2个小时后红色就会渐渐腿去，这是靠肝脏里的P450慢慢将乙醛转化成乙酸，然后进入TCA循环而被代谢。</p>
<p>那么喝酒比较厉害的人是怎么回事呢？这些人往往越喝脸越白，到一个点突然不行了，烂醉如泥。那是因为这样的人高活性的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶均没有，主要靠肝脏里的P450慢慢氧化（因为P450是特异性比较低的一群氧化酶）。那么，这样的人为什么会给人很能喝酒的感觉呢？那时因为他们靠体液来稀释酒精，个头越大感觉越能喝酒。在正常情况下，酒精浓度要超过0.1%他们才会昏迷，对大多数南方人来说是半斤白酒，而北方人由于体型大，可以喝到8两到一斤白酒。但不管什么人，如果他是脸越喝越白型的，最好不要超过半斤，不然有急性酒精中毒的可能性。</p>
<p>如果一个人即有高活性的乙醇脱氢酶又有高活性的乙醛脱氢酶会怎样呢？他/她就是传说中的酒篓子。如何判断他/她是不是酒篓子呢？看是不是大量出汗。因为如果两个酶都高活性，酒精迅速变成乙酸进入TCA循环而发热，所以大量发热而出汗。碰到这样的人你只能自认倒霉，就是十个八个正常人也斗不过他。好在这样的人不多，大概10万分之一左右吧。</p>
<p>有一点要提醒大家，喝酒脸红的人其实不容易伤肝脏，而和酒脸白的人特别容易伤肝脏。红脸的人<u style=display:none>薄雾浓云愁永昼</u>大家一般少劝酒，因此喝得少，酒后发困，睡上15－30分钟就又精神抖擞了。而白脸的则往往不知自己的底线，在高度兴奋中饮酒过量，直到烂醉。他们体内的酒精由于没有高活性的酶处理而发生积累，导致肝脏损伤。酒精性肝损伤一般只发生在这些人身上。红脸的人可以连续几餐即便喝吐了还能喝酒，而白脸的人需要更多时间的休息，因为酒精的代谢需要一两天的时间。</p>
<p>顺便提一下，根据有关研究江浙两省的人（古代吴国和越国的后代）似乎是红脸基因的起源地，也就是说这些人多数带有高活性的乙醇脱氢酶。而北方人多数是白脸型的。那么如果你是北方出生的，又是红脸型的，说明什么呢？答案是明显的，因为红脸基因是显性基因。</p>
<p>来源：网络</p>
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		<title>windows XP下安装BioPerl和TFBS模块笔记</title>
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		<pubDate>Sun, 26 Aug 2007 15:11:21 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[bioperl]]></category>
		<category><![CDATA[TFBS]]></category>
		<category><![CDATA[安装]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://haha.yo2.cn/2007/08/bioperl_tfbs.html</guid>
		<description><![CDATA[1。安装Activeperl,一切选项默认即可。 2。安装GD模块。“开始”--&#62;“运行”--&#62;"ppm" install http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/GD.ppd 3。安装DBI模块。还是在ppm命令行下，运行"query DBI"检查是否已经安装DBI;如果没有安装，运行"s DBI"寻找DBI；找到后"install #"。#代表相应的编号 。 4。安装DBD-MySQL模块。"s DBD-MySQl"; "INSTALL #". 5。安装aceperl模块。"INSTALL ACEPERL" 6。编译安装PDL-2.4.1-win32-4.zip。从SF下载PDL，注意下载PDL的2.4.1的win32版本，最新版本可能安装不上。首先你应该有C编译器，VC6足够。解压后，在命令行状态下进入解压后的目录，运行： perl Makefile.PL nmake nmake install 7。安装bioperl ppm&#62; rep add Bioperl http://bioperl.org/DIST ppm&#62; rep add Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms ppm&#62; rep add Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm search Bioperl install # 8。编译安装TFBS-0.5.0.tar.gz.前提条件都满足了（关键是PDL），下载TFBS，编译安装之。 万事大吉了。转载请注明出处，多谢！]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>1。安装<a href="http://www.activestate.com/Products/ActivePerl/?mp=1" target="_blank">Activeperl</a>,一切选项默认即可。<br>
2。安装GD模块。“开始”--&gt;“运行”--&gt;"ppm" install http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/GD.ppd<span class="fullpost"><br>
3。安装DBI模块。还是在ppm命令行下，运行"query DBI"检查是否已经安装DBI;如果没有安装，运行"s DBI"寻找DBI；找到后"install #"。#代表相应的编号 。<br>
4。安装DBD-MySQL模块。"s DBD-MySQl"; "INSTALL #".<br>
5。安装aceperl模块。"INSTALL ACEPERL"<br>
6。编译安装PDL-2.4.1-win32-4.zip。从<a href="http://prdownloads.sourceforge.net/pdl/PDL-2.4.1-win32-4.zip?download" target="_blank">SF</a>下载PDL，<b>注意下载PDL的2.4.1的win32版本，最新版本可能安装不上</b>。首先你应该有C编译器，VC6足够。解压后，在命令行状态下进入解压后的目录，运行：<br>
perl Makefile.PL<br>
nmake<br>
nmake install<br>
7。安装bioperl<br>
ppm&gt; rep add Bioperl http://bioperl.org/DIST<br>
ppm&gt; rep add Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms<br>
ppm&gt; rep add Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm<br>
search Bioperl<br>
install #<br>
8。编译安装TFBS-0.5.0.tar.gz.前提条件都满足了（关键是PDL），下载TFBS，编译安装之。<br>
万事大吉了。转载请注明出处，多谢！</span></p>
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		<title>[青方] 科学杂志排名，影响因子（IF） 对比 PageRank</title>
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		<pubDate>Thu, 23 Aug 2007 08:40:21 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[IF]]></category>
		<category><![CDATA[pagerank]]></category>
		<category><![CDATA[影响因子]]></category>
		<category><![CDATA[杂志排名]]></category>

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		<description><![CDATA[最近生物化学杂志（JBC）的两位副主编，Vincent C. Hascall和Richard W Hanson写了一篇文章，“JBC on Journal Ranking”，文章非常有意思，对于现在科学界一切跟着影响因子（Impact Factor）转的潮流，算是浇上了一点冷水，也表达了JBC这个百年老杂志的不满之情。 目前杂志的排名多采用总部在美国费城的ISI（Institute for Scientific Information）公司采纳的影响因子，这个概念最早由Eugene Garfield提出来的，初衷是对科学界发表的文章根据发表的数量和引用率进行一下排名，以便于公司对巨量的科学信息进行管理，但之后这个“影响因子”影响巨大，是Eugene Garfield最初没有想到的，一些大学把ISI文章多少用来作为判定科学家水平的一个重要标志，甚至可以决定一位科研人员的命运。Eugene Garfield 1995年在一次演讲中说（大意）：“1955年，当我开始采纳这个影响因子的时候，我没有想到有朝一日这个能引来这么大的争论。正如核能一样，影响因子也是一把双刃剑，我期望人们能建设性的使用这个概念，但我逐渐意识到，在一些人手里，这个概念被乱用了”。 尽管这个影响因子的影响巨大，但这个算法也有很多不足，例如根据这个因子对杂志进行排名，排在最前面的总是一些综述性的杂志，例如排在前4名的分别是“Annu Rev Immunol”，“Annu Rev Biochem”，“Physiol Rev”和“Nat Rev Mol Cell Bio”四本综述杂志。其后才是著名的新英格兰医学杂志（New Eng J Med），第6，第7，第10位又全被综述杂志占据了，自然（Nature）和自然医学杂志（Nat Med）只是第8和第9位，而著名的科学和细胞杂志甚至不能进入前10名。JBC则只排在第180位。 最近Vincent C. Hascall，Johan Bollen和Richard W. Hanson用Google所采用的“Page rank”对5000多种科学杂志重新排了一下名，结果JBC由180位跳到了第一位。 用Page rank对科学杂志排名的理由是，目前世界上绝大多数杂志都有网络版，几乎所有科研文献在网络上都能找到，采用Google对世界上无数的网站进行排名的方式，无疑是一种全新的更合理的方法。所谓Page rank，是斯坦福大学Brin和Page开发的一种算法（所以叫Page rank），是基于网页在网络里的连接情况来计算的，不仅考虑到网页的流行性，也考虑到网页的威望或是本身的质量。这个算法不仅可以用于网页或网站的排名，也可以用于对科学杂志进行排名。用Page rank排名后，综述杂志就明显的被排在后面了，而一些著名的杂志都进入到了前10名，依次是1. J Biol Chem，2. Nature，3. Science，4. PNAS，5. Phys Rev Lett，6. Phys Rev B，7. [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>最近生物化学杂志（JBC）的两位副主编，Vincent C. Hascall和Richard W Hanson写了一篇文章，“JBC on Journal Ranking”，文章非常有意思，对于现在科学界一切跟着影响因子（Impact Factor）转的潮流，算是浇上了一点冷水，也表达了JBC这个百年老杂志的不满之情。</p>
<p>目前杂志的排名多采用总部在美国费城的ISI（Institute for Scientific Information）公司采纳的影响因子，这个概念最早由Eugene Garfield提出来的，初衷是对科学界发表的文章根据发表的数量和引用率进行一下排名，以便于公司对巨量的科学信息进行管理，但之后这个“影响因子”影响巨大，是Eugene Garfield最初没有想到的，一些大学把ISI文章多少用来作为判定科学家水平的一个重要标志，甚至可以决定一位科研人员的命运。Eugene Garfield 1995年在一次演讲中说（大意）：“1955年，当我开始采纳这个影响因子的时候，我没有想到有朝一日这个能引来这么大的争论。正如核能一样，影响因子也是一把双刃剑，我期望人们能建设性的使用这个概念，但我逐渐意识到，在一些人手里，这个概念被乱用了”。</p>
<p>尽管这个影响因子的影响巨大，但这个算法也有很多不足，例如根据这个因子对杂志进行排名，排在最前面的总是一些综述性的杂志，例如排在前4名的分别是“Annu Rev Immunol”，“Annu Rev Biochem”，“Physiol Rev”和“Nat Rev Mol Cell Bio”四本综述杂志。其后才是著名的新英格兰医学杂志（New Eng J Med），第6，第7，第10位又全被综述杂志占据了，自然（Nature）和自然医学杂志（Nat Med）只是第8和第9位，而著名的科学和细胞杂志甚至不能进入前10名。JBC则只排在第180位。</p>
<p>最近Vincent C. Hascall，Johan Bollen和Richard W. Hanson用Google所采用的“Page rank”对5000多种科学杂志重新排了一下名，结果JBC由180位跳到了第一位。</p>
<p>用Page rank对科学杂志排名的理由是，目前世界上绝大多数杂志都有网络版，几乎所有科研文献在网络上都能找到，采用Google对世界上无数的网站进行排名的方式，无疑是一种全新的更合理的方法。所谓Page rank，是斯坦福大学Brin和Page开发的一种算法（所以叫Page rank），是基于网页在网络里的连接情况来计算的，不仅考虑到网页的流行性，也考虑到网页的威望或是本身的质量。这个算法不仅可以用于网页或网站的排名，也可以用于对科学杂志进行排名。用Page rank排名后，综述杂志就明显的被排在后面了，而一些著名的杂志都进入到了前10名，依次是1. J Biol Chem，2. Nature，3. Science，4. PNAS，5. Phys Rev Lett，6. Phys Rev B，7. New Eng J Med，8. Astrophys J，9. Cell，10. J Am Chem Soc。</p>
<p>如果把影响因子和Page rank算在一起，引入一个Y 因子，那么杂志的排名就更合理了，前10名分别是1. Nature， 2. Science， 3. New Eng J Med， 4. Cell， 5. PNAS， 6. J Biol Chem， 7. JAMA， 8. Lancet， 9. Nat Genet， 10. Phys Rev Lett。这个前10名涵盖了世界上几个众望所归的著名杂志。</p>
<p>排名在本质上讲只是个数字游戏，但这个排名对很多科研机构和科研人员来讲是命根子，是基本原则，既然很多人非常重视这个排名，如何让这个排名更合理，就应当引起人们足够的重视了。</p>
<p>可以预计，随着Google王国的逐渐扩张，用Page Rank对杂志进行排名会被越来越多的人所接受。<br>
----------------------------------------<br>
<em>文章引用自：<a href="http://qingfangblog.com/2007/08/19/244">http://qingfangblog.com/2007/08/19/244</a></em></p>
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		<title>这个小狗可NB了</title>
		<link>http://www.notii.com/2007/07/muscle-dog.html</link>
		<comments>http://www.notii.com/2007/07/muscle-dog.html#comments</comments>
		<pubDate>Sat, 14 Jul 2007 05:12:21 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[基因治疗]]></category>
		<category><![CDATA[肌肉狗]]></category>
		<category><![CDATA[肌肉萎缩]]></category>

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		<description><![CDATA[据报道：加拿大维多利亚市一家农场中的小灵狗温迪，被人形容成是狗中“施瓦辛格”，由于天生具有基因缺陷，这条狗竟然长得膀大腰圆，浑身肌肉，重达27斤，重量是同类狗的两倍多。它的脖子上、肩膀上、腰部和臀部到处都是像气球一样高高鼓起来的肌肉，模样看起来非常可怕。 在我看来，这狗太难得了。这是基因的自然突变造成的，可以拿来当作研究对象，和正常的狗对比，做几个基因芯片，研究一下到底是什么基因不同。这可就牛大发了！可以想到的用途： 类似的基因给猪突变一下，以后我们可以吃到纯瘦的猪，并且体形巨大！ 想健美的人不用天天跑健身房了，打一针，部分抑制一下X基因就可以了。 肌肉萎缩的病人有福音了，以后想萎缩都难了。 ……… …… 可惜这狗远在加拿大，呵呵。]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>据<a href="http://news.qq.com/a/20070714/000089.htm">报道</a>：加拿大维多利亚市一家农场中的小灵狗温迪，被人形容成是狗中“施瓦辛格”，由于天生具有基因缺陷，这条狗竟然长得膀大腰圆，浑身肌肉，重达27斤，重量是同类狗的两倍多。它的脖子上、肩膀上、腰部和臀部到处都是像气球一样高高鼓起来的肌肉，模样看起来非常可怕。</p>
<center><img src="http://img1.qq.com/news/pics/4839/4839751.jpg" alt="肌肉狗"></center>
<p>在我看来，这狗太难得了。这是基因的自然突变造成的，可以拿来当作研究对象，和正常的狗对比，做几个基因芯片，研究一下到底是什么基因不同。这可就牛大发了！可以想到的用途：</p>
<ol>
<li>类似的基因给猪突变一下，以后我们可以吃到纯瘦的猪，并且体形巨大！</li>
<li>想健美的人不用天天跑健身房了，打一针，部分抑制一下X基因就可以了。</li>
<li>肌肉萎缩的病人有福音了，以后想萎缩都难了。</li>
<li>……… ……
<div style="margin-left: 2em">
<p>可惜这狗远在加拿大，呵呵。</p>
</div>
</li>
</ol>
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		<title>令人惊讶：单细胞生物也有微RNA和短干涉RNA</title>
		<link>http://www.notii.com/2007/06/rnai.html</link>
		<comments>http://www.notii.com/2007/06/rnai.html#comments</comments>
		<pubDate>Fri, 29 Jun 2007 09:51:27 +0000</pubDate>
		<dc:creator></dc:creator>
				<category><![CDATA[生物科学]]></category>
		<category><![CDATA[nature]]></category>
		<category><![CDATA[RNAi]]></category>
		<category><![CDATA[RNA干扰]]></category>
		<category><![CDATA[RNA干涉]]></category>
		<category><![CDATA[小RNA]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://haha.yo2.cn/2007/06/rnai.html</guid>
		<description><![CDATA[RNA干扰（RNAi）是作为一种重要的调控机制出现的，在这种调控中，非常短的RNA被用来使基因表达沉默。因为小RNA只存在于多细胞生物中，所以有人提出，RNAi 是应在不同组织中或在不同发育阶段调控基因表达的需要而出现的。 但这种观点没有持续多长时间。最近的两篇论文（其中一篇发表在最新一期的Nature上）报告，单细胞藻类（Chlamydomonas）既存在微RNA，又存在短干涉RNA。 这一发现表明，复杂的RNA沉默系统在多细胞生物出现之前很久就形成了。（Letter p.1126）]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>RNA干扰（RNAi）是作为一种重要的调控机制出现的，在这种调控中，非常短的RNA被用来使基因表达沉默。因为小RNA只存在于多细胞生物中，所以有人提出，RNAi 是应在不同组织中或在不同发育阶段调控基因表达的需要而出现的。</p>
<p>但这种观点没有持续多长时间。最近的两篇论文（其中一篇发表在最新一期的Nature上）报告，单细胞藻类（Chlamydomonas）既存在微RNA，又存在短干涉RNA。 这一发现表明，复杂的RNA沉默系统在多细胞生物出现之前很久就形成了。（Letter p.1126）</p>
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