Tag Archives: 转录因子结合位点

推荐TRANSFAC > TESS > TFSEARCH。TFSEARCH使用了较低版本的matrix，可能是3.3。 TESS用的matrix也不是最新的，TRANSFAC用的是最新的，不过需要注册。

Transfac的TfBlast是用核苷酸序列或者氨基酸序列来搜索与之相似的TF的序列，也就是说，找出你输入的序列很可能是什么TF，而不是找与之结合的TF。

TFSEARCH是位于日本的papia的众多服务中的一个：

1. Protein Structure Similarity Search
2. Protein Sequence Homology Search
3. Protein Sequence Multiple Alignment
4. Protein Secondary Structure Prediction
5. TFSEARCH : DNA的转录因子结合位点预测
6. PDB-REPRDB : Representative protein chains from PDB

转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与mRNA结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22％的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。这篇文章的试验方法是，通过高密度的寡核苷酸芯片，反映出人21和22号染色体的几乎所有的非重复序列，通过这种芯片，检测三种转录因子，Sp1、 cMyc、和p53的结合位点。结果表明，每种转录因子都有大量的TFBS与之结合。然而，只有22％的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端， 36％的TFBS分布在蛋白编码基因的中部或3'端，并且这36％的TFBS常常和基因组中的非蛋白编码RNA分布在一起。这暗示，在人的基因组中，不仅包含蛋白编码基因，也包含数量相当的非编码基因（noncoding genes），他们都受常见的转录因子所调控。

（有关非编码基因的研究：）
人们对蛋白编码基因已经很熟悉了，但是，最近几年，人们发现，似乎基因组中的转录产物（转录组，transcriptome）比想象的更多更复杂。这主要是由非编码基因造成的，它们不编码蛋白，其中有一些编码反义RNA。后来，通过对小鼠基因组的分析，发现人和小鼠的基因组中的非编码区存在比预想多的保守区域，这些保守区域可能就是非编码基因所在的区域。非编码基因对生物体照样有很重要的功能，但是，目前我们对这一部分还知之甚少。

参考文献：

Simon Cawley, Stefan Bekiranov, Huck H. Ng, Philipp Kapranov, Edward A. Sekinger, Dione Kampa, Antonio Piccolboni, Victor Sementchenko, Jill Cheng, Alan J. Williams, Raymond Wheeler, Brant Wong, Jorg Drenkow, Mark Yamanaka, Sandeep Patel, Shane Brubaker, Hari Tammana, Gregg Helt, Kevin Struhl and Thomas R. Gingeras
Unbiased Mapping of Transcription Factor Binding Sites along Human Chromosomes 21 and 22 Points to Widespread Regulation of Noncoding RNAs.
Cell 2004, 116:499-509
http://www.cell.com/content/article/abstract?uid=PIIS0092867404001278