目前杂志的排名多采用总部在美国费城的ISI（Institute for Scientific Information）公司采纳的影响因子，这个概念最早由Eugene Garfield提出来的，初衷是对科学界发表的文章根据发表的数量和引用率进行一下排名，以便于公司对巨量的科学信息进行管理，但之后这个“影响因子”影响巨大，是Eugene Garfield最初没有想到的，一些大学把ISI文章多少用来作为判定科学家水平的一个重要标志，甚至可以决定一位科研人员的命运。Eugene Garfield 1995年在一次演讲中说（大意）：“1955年，当我开始采纳这个影响因子的时候，我没有想到有朝一日这个能引来这么大的争论。正如核能一样，影响因子也是一把双刃剑，我期望人们能建设性的使用这个概念，但我逐渐意识到，在一些人手里，这个概念被乱用了”。

尽管这个影响因子的影响巨大，但这个算法也有很多不足，例如根据这个因子对杂志进行排名，排在最前面的总是一些综述性的杂志，例如排在前4名的分别是“Annu Rev Immunol”，“Annu Rev Biochem”，“Physiol Rev”和“Nat Rev Mol Cell Bio”四本综述杂志。其后才是著名的新英格兰医学杂志（New Eng J Med），第6，第7，第10位又全被综述杂志占据了，自然（Nature）和自然医学杂志（Nat Med）只是第8和第9位，而著名的科学和细胞杂志甚至不能进入前10名。JBC则只排在第180位。

最近Vincent C. Hascall，Johan Bollen和Richard W. Hanson用Google所采用的“Page rank”对5000多种科学杂志重新排了一下名，结果JBC由180位跳到了第一位。

用Page rank对科学杂志排名的理由是，目前世界上绝大多数杂志都有网络版，几乎所有科研文献在网络上都能找到，采用Google对世界上无数的网站进行排名的方式，无疑是一种全新的更合理的方法。所谓Page rank，是斯坦福大学Brin和Page开发的一种算法（所以叫Page rank），是基于网页在网络里的连接情况来计算的，不仅考虑到网页的流行性，也考虑到网页的威望或是本身的质量。这个算法不仅可以用于网页或网站的排名，也可以用于对科学杂志进行排名。用Page rank排名后，综述杂志就明显的被排在后面了，而一些著名的杂志都进入到了前10名，依次是1. J Biol Chem，2. Nature，3. Science，4. PNAS，5. Phys Rev Lett，6. Phys Rev B，7. New Eng J Med，8. Astrophys J，9. Cell，10. J Am Chem Soc。

如果把影响因子和Page rank算在一起，引入一个Y 因子，那么杂志的排名就更合理了，前10名分别是1. Nature， 2. Science， 3. New Eng J Med， 4. Cell， 5. PNAS， 6. J Biol Chem， 7. JAMA， 8. Lancet， 9. Nat Genet， 10. Phys Rev Lett。这个前10名涵盖了世界上几个众望所归的著名杂志。

排名在本质上讲只是个数字游戏，但这个排名对很多科研机构和科研人员来讲是命根子，是基本原则，既然很多人非常重视这个排名，如何让这个排名更合理，就应当引起人们足够的重视了。

可以预计，随着Google王国的逐渐扩张，用Page Rank对杂志进行排名会被越来越多的人所接受。
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文章引用自：http://qingfangblog.com/2007/08/19/244

和2005年的相比，今年的IF普遍有所下降，Nature从29多下降到26多，下降了差不多3。以前不少3.x的刊物，现在变成2.x了。只有个别的刊物有上升。

2006年影响因子（excel）下载（来自gene8）